Categories
blog

Adnotacja została potwierdzona przez weryfikację zakupu Spectral Library (Bruker HMDB Metabolite Library) i można ją było wyjaśnić w SmartFormula 3D.

Adnotacja została potwierdzona przez weryfikację zakupu Spectral Library (Bruker HMDB Metabolite Library) i można ją było wyjaśnić w SmartFormula 3D.

Próbkę fragmentu czasu raka anaplastycznego przygotowań zgodnie z konwencjonalnymi protokołami firmy MALDI FTMS z solariX 7.0 Tesla.

Całkowity prąd jonowy i cięcie 2D N-glikanów zmapowanych w tkance można zobaczyć na rycinie 1. Zdolność do znaku N-glikanów jest zależna od aktywności zastosowanej PNGazy F.

Tutaj ponad 111 N-glikanów zidentyfikowano jako [M + Na] + lub [M-H + 2Na] +, w tym Struktury lub wysokiej zawartości mannozy, więzi, hybrydowe i sialilowane. Należy podać, podać, kwasy sialowe są nietrwałe termicznie i w przypadku źródeł MALDI prowadzi do utraty kwasu sialowego z N-glikanu.

SolariX został specjalnie opracowany w celu strat strat sialowych do minimum za pomocą wysokociśnieniowego zderzeniowego gazu chłodzącego (10). Następnie sialilowane N-glikany identyfikuje się z benzyną intensywną jak N-glikany nie zawierające tej nietrwałej ceny (rys. 1A).

Kolejną zaletą solariX jest to, że źródło jest oddzielone od pomiaru masy, umożliwiając badaniepropbki zamocowanych na szkiełkach mikoskopowych ze skrępowaną utratą lub dokładności.

W tym przypadku przypadku przypadku pracy i platforma obrazowania odpływu przepustość szerokiego szerokiego szerokiego szerokiego m / z N-glikanów, obejmującego, od małych pentamannozowych (Man5,457,45 / 3,4)

Podsumowując, proces obrazowania N-glikanów zapewnia potężne i pełne sygnatury N-glikanów z czasu FFPE. Bardziej obserwacje obserwacje, bade badanie ogólne nowotwory (jak te w tym przykładzie) maatury N-glikanów, które wyświetlają na mapowanie takie ponad 100 gatunków N-glikanów.

W celu analizy obrazowanej, przeciwnie, wolonej przez pathologię zastosowano segmentację obrazu SCiLS. Zaznaczone przez pathologię barwienie hematoksyliną i eozyną w tkance tarczycy z obszarami oznaczonymi jako przylegające guzy nienowotworowe, martwicze lub anaplastyczne przedstawiono na rycinie 2.

Aby zaoferować wybór dedykowane na obszary, sekcje zostały rozciągnięte. Kontrast skrawków zaznaczonych przez patologię z segmentacją SCiLS uwidacznia złożoność środowiska guza.

Dokładniej rzecz biorąc, skrawki pasują do patologicznych oznaczeń normalnych sąsiadujących (ciemnoczerwone) i martwiczych (pomarańczowych), ale rozwój rozwoju anaplastycznych obszarówzów guzny (aquz) guzny.

Z drugiej strony, sygnatury N-glikanów odwzorowujące obszar anaplastyczny sygnał rozpraszania się na sygnał martwicze z kontrolaszania w pobliżu sąsiedniej stacji nienowotworowej. Dane te jasność, sye sygnatury N-glikanów obwodowych doakterystycznych patologii tkanek.

Aby przeanalizować ilościowy pomiar N-glikanów (ryc. 3), segmenty wybrano z segmentów oznaczonych przez pathologię. Segmenty wybrano z wycinków zaznaczonych przez pathologię pod kątem przylegającego guza nienowotworowego, martwiczego i anaplastycznego.

Można zobaczyć zobacz przykład zobaczyć przykład Struktury lub wysokiej zawartości mannozy (Man9) zmapowanej na nieprzylegające części z ~ czterokrotnym wzrostem na wartości mediany w porównaniuzzuza zean

Obszary martwicze wykazywały odrębne sygnatury, poza guzem nieprzylegającym i guzem anaplastycznym, i można je tu zobaczyć na przykładzie Struktury dwuantenowej.

Co ciekawe, N-glikany wykrywane w wyniku guza anaplastycznego często często również spotykane w przypadku martwiczychonych przez pathologów (patrz także Rysunek 1 B).

Te przykłady, kse ekspresja N-glikanów ma wyższą chorą w mikrośrodowisku guza i te zmiany można zidentyfikować za pomocą obrazowania.

Wniosek

Obrazowanie N-glikanów ujawnia powiązania między interakcjami węglowodanowymi zachodzącymi w tkankach guza FFPE. Użycie solariX, jak pobieraj tutaj, jest enklektycznym odpisem pracy obrazowania.

Schłodzone źródło pozwala na biologicznie wychwycenie, ale nietrwałych reszt węglowodanowych, sialowych, które w wykorzystaniu wykorzystania nieobecne w pracy MALDI.https://yourpillstore.com/pl/

Wysoka czułość umożliwia odkrycie wielu różnych struktur N-glikanów. Badanie tego jednego fragmentu ujawnia wiele miejsc zmian N-glikozylacji, które mogą mieć mieć w anaplastycznym raku tarczycy.

Dziesięć przepływ pracy oferować narzędzia dostosowanych do specyfikacji badań molekularnych i można iść pracy portu FFPE.

Bibliografia

Moremen KW, Tiemeyer M, Nairn AV. 2012. Nature Reviews Molecular Cell Biology 13: 448-62 Stanley P, Schachter H, Taniguchi N. 2009. Rozdział 8: N-Glycans. W Essentials of Glycobiology, wyd. Varki, RD Cummings, JD Esko, HH Freeze, P Stanley, et al. Cold Spring Harbor (NY): Cold Spring Harbor Laboratory Press Varki A. 2017. Glycobiology 27: 3-49 Pinho SS, Rice CA. 2015. Nature Reviews Cancer 15: 540-55 Powers TW, Neely BA, Shao Y, Tang H, Troyer DA i wsp. 2014. PLoS One 9: e106255, ss. 1-11. PMID: 25184632 Drake RR, Powers TW, Jones EE, Bruner E, Mehta AS, Angel PM. 2017. Postępy w badaniach nad rakiem 134: 85-116 Gorzolka K, Walch A. 2014. Histology and Histopathology 29: 1365–76 Ceroni A, Maass K, Geyer H, Geyer R, Dell A, Haslam SM. 2008. Journal of Proteome Research 7: 1650-9 Lin R-Y. 2011. Nature Reviews Endocrinology 7: 609-16 O’Connor PB, Mirgorodskaya E, Costello CE. 2002. Journal of the American Society for Mass Spectrometry 13: 402-7

Lub firmie Bruker Daltonics

Odkryj nowe zastosowania Spektrometrii ale w najtrudniejszych współczesnych wyzw analitycznych. Innowacje-, Jak TAKIE mobilność uwięzionych JONOW (TIMS) Intelligentna wiązka i lasery skanujące do obrazowania MALDI-MS, zapewnienie prawdziwa wierność pikseli, orazologia eXtreme rozdzielczości FTMS (XR) zdotojnuskyi syzenowenuzenia syzenowenowenia ujawnukistan syzenury FTMSukENSYKENUUKTENUUKTUKENTUKENTUKTUKENTUKENTUKENTUKENTUKENYUKTUKENTUKENTUKENYUKTUKENTUKTUKENTUKENUUKTENUUKTENUKENUKENSYKENUKENTENUUKTENUUKTUKTENU Syzury (XR) Nowy POZIOM. Rozwiązania Spektrometrii ale naukowcom poszukiwanie przełomowych odkryć i zdobywanie głębszych informacji.

Polityka sponsorowanych: News-Medical.net publikuje artykuły i powiązane treści, które mogą pochodzić ze źródeł, z których mamy ceny handlowe, pod warunkiem, że takie dodają wartoe takie dodajn newsamijjjn News wyrobami medycznymi i leczeniem.

„Http://www.news-medical.net/whitepaper/20190306/Spectral-Libraries-are-Key-for-Confident-Compound-Identification.aspx”,”200″,”OK”, „Treść sponsorowana do 6 mark 2019

W metabolomice pewna identyfikacja nadal nadal stanowi poważną trudność. Cellular Trwanie wyników wyszukiwania w i jakości poziomu poszukiwania metabolitów, które zostały pierwotnie podniesione przez wzrost MSI [1-4] jest poziom oczywiste, ZE wyższy wyższy pewności osiągnięty wyższy poziom pewności, poziom kwalifikacji przełożenia ortogonalnego molekularnych Cech wyrafinowanych narzędzi dokładna technologia pomiar .

W tym artykule przedstawiono jedno zintegrowane rozwiązanie programowe, które tożsamość tożsamość na różne sposoby: structure, klasy związku, modelu cząsteczkowana smarowanie zweryfikowanyśacier

Rysunek 1. W MetaboScape 2.0: identyfikacja specjalne jest fabana przez różnorodne (Pół) zautomatyzowane narzędzia, które są zintegrowane i umożliwiają tworzenie adnotacji na coraz wyśsiezym poziciom.

Formuły molekularne

Konwencjonalnie wzory cząsteczkowe są analityczne na podstawie pojedynczej masy prekursora, z wykorzystaniem ograniczonej liczby pierwiastków (zwykle CHNOPS) i znaczącej tolerancji masy. Smart-FormulaTM umożliwia zapewnienie zakupu wcześniejszej wiedzy i incon produkty:

“Złote zasady” [5] Reguła Seniora i Lewisa Stosunki pierwiastków Górna formuła Prawdopodobieństwo liczby elementów Fragmentacja w źródle True Isotopic PatternTM (WSKAZÓWKA)

SmartFormula 3D oferujący inteligentny interfejs umożliwiający użytkownikom nanoszenie adnotacji na wszystkie monoizotopowe piki widma MS / MS za pomocą formuł fragmentowych (patrz Rysunek 2).

Rysunek 2. Przykładowe widmo MS / MS gamma-glutamylowaliny w SmartFormula 3D, zaznaczeniemcharystycznych fragmentów odpowiadających stratom NH3 i CH5NO2. Tylko wskaźniki dla dipeptydów gamma-glutamylowych, a nie dipeptydów alfa-glutamylowych. [8.]

Placówka kandydatów strukturalnych

Appointment CompoundCrawlerTM dostępne w ramach może być używane do uzytku kandydatów na wzory molekularne, które zostały włączone do rozmowy. Aby wysyła zapytania do publicznych lub prywatnych Strukturalnych baz danych z danych osobowych, z PubChem, KEGG, ChEBI i ChemSpider. Następnie identyczne struktury można ocenić za pomocą fragmentacji in silico.

MetFrag In-Silico Fragmentation

Algorytm fragmentacji MetFrag [6, 7] in silico MS / MS jest terminem od MetaboScape 2.0 i może być używany do oceny i oceny kandydatów strukturalnych z wyników wyszukiwania CompoundCrawler w celu uzyskania informacji spektralnych. Jak odciąć na rysunku 3, wyjaśnione fragmenty są wyróżnione w znalezieniu problemu.

Rysunek 3. Zrzut ekranu wyświetlający się MetFrag w MetaboScape. W przypadku prekursora 182.0811 m / z SmartFormula wygenerował trzy możliwe wzory cząsteczkowe. Structuralne kandydatury przez nich zostały określone za pomocą CompoundCrawler (PubChem i nstandardowa MetaboScape AnalyteDB). W przypadku tyrozyny 97,52% intensywności MS / MS można pokryć wyjaśnionymi fragmentami. Adnotacja została potwierdzona przez weryfikację zakupu Spectral Library (Bruker HMDB Metabolite Library) i można ją było wyjaśnić w SmartFormula 3D.

Biblioteki widmowe MS / MS

Użytkownicy mogą generować lub importować. Następnie można i użyć do opisania, jeśli podobieństwo widmowe spełnia określone przez użytkownika progi. W innowacyjnym oprogramowaniu Metabo-Scape 2.0 wbudowany jest interaktywny edytor biblioteki widmowej.

Docelowe listy analitow

Listy analitow oceny do łatwego opisu lub znanej wersji językowej. Jeśli do wykorzystania, można powiązać z wpisami bibliotek widmowych, można powiązać dopasowanie widmowe MS / MS. W listy wyników analityczne umożliwiają integrację informacji MS / MS, RT i MS w celu zebrania pewnej dereplikacji.

Wniosek

Oprogramowanie posada kompleksowy zestaw narzędzi autorstwa pracy adnotacji at produkty spożywcze Aby zwiększyć zaufanie do identyfikatora związku, zintegrowano prawdziwy wzór izotopowy, HRAM, czas retencji i fragmentację MS / MS Wszystkie narzędzia są połączone, aby przepływy pracy charakterystyczne dla aplikacji: Użyty CompoundCrawler Dopasowywanie i zarządzanie bibliotekami widmowymi MS / MS Osadzony spotkał py Anuluj Włożony SmartFormula 3D AnalyteListy od ukierunkowanej identyfikacji

Podziękowanie

Wyprodukowano z materiałów oryginalnie autorstwa Nikolasa Kesslera; Heiko Neuweger; Verena Tellström, Aiko Barsch z Bruker Daltonik GmbH, Bremen, Niemcy

Bibliografia

[1] Fiehn i in .; Metabolomics 2007, 3: 175–178.

[2] Sumner i in.; Metabolomics 2007, 3: 211–221.

[3] Sumner i in .; Metabolomics 2014, 6: 1047–1049.

[4] Schymanski i in.; Otaczać. Sci. Technol. 2014, 48: 2097-2098.

[5] Child i Fiehn; BMC Bioinformatics 2007, 8: 105.

[6] Wolf i in .; BMC Bioinformatics 2010, 11: 148.

[7] Ruttkies i in.; J. Cheminf. 2016, 8: 3.

[8] Harrison; J Mass Spectrom. 2013, 38: 174-187.

Lub firmie Bruker Daltonics

Odkryj nowe zastosowania Spektrometrii ale w najtrudniejszych współczesnych wyzw analitycznych. Innowacje-, Jak TAKIE mobilność uwięzionych JONOW (TIMS) Intelligentna wiązka i lasery skanujące do obrazowania MALDI-MS, zapewnienie prawdziwa wierność pikseli, orazologia eXtreme rozdzielczości FTMS (XR) zdotojnuskyi syzenowenuzenia syzenowenowenia ujawnukistan syzenury FTMSukENSYKENUUKTENUUKTUKENTUKENTUKTUKENTUKENTUKENTUKENTUKENYUKTUKENTUKENTUKENYUKTUKENTUKTUKENTUKENUUKTENUUKTENUKENUKENSYKENUKENTENUUKTENUUKTUKTENU Syzury (XR) Nowy POZIOM. Rozwiązania Spektrometrii ale naukowcom poszukiwanie przełomowych odkryć i zdobywanie głębszych informacji.

Polityka sponsorowanych: News-Medical.net publikuje artykuły i powiązane treści, które mogą pochodzić ze źródeł, z których mamy ceny handlowe, pod warunkiem, że takie dodają wartoe takie dodajn newsamijjjn News wyrobami medycznymi i leczeniem.

„Https://www.news-medical.net/news/20180308/Brukers-MALDI-Biotyper-receives-AOAC-OMA-approval-for-confirmation-identification-of-food-pathogens.aspx”,”200”, “DOUBLE”, ” 8 marka 2018 roku

Bruker z przyjemnością informuje, jest AOAC International Firma zatwierdziło rozwiązanie MALDI Biotyper dla dwóch nowych officjalnych metod analizy (OMA) do potwierdzenia i identyfikacji badań chorobotwórnyczych i nie. Dwie metody obejmują niektóre z najpowszechniejszych pathogenów żywności, w tym Salmonella spp (spp. Oznacz wszystkie gatunki z rodzaju Salmonella), Cronobacter spp, Listeria spp i Listeria monocytogenes. Potwierdzenie i identyfikację można bezpośrednio z kilku selektywnych pożywek hodowlanych, które są szeroko stosowane w mikrobiologii żywności lub z dowolnych nieselektywnych płytek hodowlanych.

Wartość dodana korzystania z MALDI Biotyper jako bardzo szybkie i opłacalne rozwiązania do potwierdzania i identyfikacji drobnoustrojów jest teraz szeroko dostępne dla organów ds. Bezpieczeństwo żywności, przemysłu spożywczego oraz inne placówki testujące jedzenie i paszę. Może oznaczać wydajność laboratoriów testowanie czasu i przyspieszyć czas potrzebnyom żywności do czasu krytycznych etapów produkcji i uwolnienia partii.

Badania walidacyjne potwierdziły, z, z MALDI Biotyper w zakresie pomocy identyfikacji Bakterii w pożywkach selektywnych zalecanych przez FDA, USDA ISO i z także kilku pożywek chromogennych nielekwekichwich, nielekwekichwich nielekwekichwich nielekwekichwich nielekwekichwich nielekekwich a także zlekwich. Zatwierdzony stacjonarny system MALDI Biotyper jest również dostępny jako inteligentna wersja MBT z jeszczeszym szybszym, opatentowanym laserem smartbeam ™, który jeszcze bardziej przysaniaizcia przysaniazzzy przyszyszyzzy.

Moduł podtypów MALDI Biotyper umożliwia wybór wyboru różnicowanie płyt Listeria. Przepływ pracy MALDI Biotyper może być testany przez MBT Pilot ™ z optycznie sterowanego probki na płytkach transfer MBT oraz za pomocą MBT Galaxy ™ z włączania matrycy podczas pobieraniaprobki. Oba testy metody pracy dodatkowo zwiększają produktywność i standaryzacje normy pracy. W celu uzyskania optymalnej wydajności można zacząć nowe jednorazowe płytki MBT Biotargets 96 opartą na zastrzeżonej technologii Bruker AnchorChip ™.

Erin Crowley, dyrektor naukowy Q Laboratories w Cincinnati, Ohio, skomentowała:

Firma Q Laboratories jest wdzięczna za możliwość pełnienia badań badań naukowych OMA. Sukces tych projektów został wsparty łatwym przepływem pracy MALDI Biotyper. Wdrażamy MALDI Biotyper w naszych obiektach już od 18 miesięcy. To prawdziwa innowacja, jej zatwierdzenie przez OMA jest znaczącym krokiem, aby zapewnić naszym klientom szybką i dokładną identyfikację opcji potwierdzającejirnyzebne do wyczaniazania.